علت مخفی بودن قبر حضرت علی(ع) و حضرت زهرا(س) یکسان نبوده است؛ زیرا مخفی بودن قبر حضرت علی(ع) آن جهت بود که افراد نابخرد و جاهل و هتاکی که دشمنی آن‌حضرت را در دل داشتند، ممکن بود به قبر مبارک ایشان بی‌احترامی کنند، ولی بعدها در اثر گذشت زمان و از میان رفتن این افراد و نیز قدرت یافتن مکتب اهل‌بیت (ع)، احتمال هتک حرمت به قبر ایشان کم شده بود. از طرف دیگر، با توجه به مخفی بودن قبر ایشان در میان نیزار و بیابان، مردم قهراً در اثر عدم شناخت محل قبر، حتی به صورت تقریبی، از برکات فراوان و فیوضات وجودی آن بی‌بهره می‌ماندند، به همین جهت ائمه(ع) ابتدا محل دقیق قبر مطهر ایشان را به شیعیان خالص معرفی نمودند و کم کم در اثر قدرت‌یابی و تشکل یافتن شیعه، به صورت عمومی شناخته شد.
اما علت مخفی بودن قبر حضرت زهرا(س) که به وصیت و دستور خود آن‌حضرت صورت گرفت، در واقع اعتراض به جریان به وجود آمده در مسیر خلافت پس از پیامبر(ص) و زیر پا گذاشته شدن حق و حقیقت در جریان خلافت و انزجار از آن جریان بوده است.[1] لذا تا زمانی که جامعۀ مسلمین به طور کلی به این حقیقت اعتقاد پیدا نکنند و مسیر خلافت را در همان شکل نادرست نآب آنبستیمبآن باور داشته باشند، که نتیجۀ آن دور ماندن از بسیاری از حقایق اسلام است، قهراً علت مخفی بودن قبر آن‌حضرت نیز وجود خواهد داشت.
نکتۀ دیگر آن‌که مخفی بودن قبر آن‌حضرت سدی است که از تحریف تاریخ صدر اسلام جلوگیری می‌کند و مانع می‌شود تا گروهی به طور کلی برخورد حضرت زهرا(س) را نسبت به حوادث به وجود آمده انکار کنند. این مسئله خود علامتی است که شیفتگان حقیقت را در دریای متلاطم فتنه‌ها به سوی ساحل نجات راهنمایی کرده و غبار را از چهرۀ حقیقت می‌زداید و حجت الاهی را بر همگان تمام می‌گرداند.
علاوه بر این؛ چون محدودۀ تقریبی قبر آن‌حضرت[2] بیان شده است، مردم می توانند در این اماکن که نزدیک به هم است از برکات و فیوضات معنوی قبر منور ایشان استفاده کنند.
به هر حال آنچه بیان شد نکاتی است که قرائن و شواهدی آنها را تائید می‌کند و به معنای آن نیست که تمام اسرار همان است که بیان شد؛ یعنی ممکن است اسرار دیگری در این مسئله نهفته باشد که بر آیندگان مکشوف گردد.
[1]. ر. ک: ابن ابی الحدید، شرح نهج البلاغه ج 16، ص 281 ؛ الشیخ عبدالله الناصر، و محنة فاطمة بعد وفاة رسول الله (ص) (نصوص تاریخیة من مصادر السنة المعتمدة)، ص197- 206.
[2]. طبق روایات یکی از مکان‌های بین منبر و محراب مسجد یا منزل خود حضرت و یا قبرستان بقیع، به عنوان محل دفن معرفی شده است.