Il y a trois méthodes de pensée religieuse dans l'Islam. Le Saint Coran qui dans ses enseignements dirige les musulmans sur trois chemins afin de comprendre les buts de la religion et des sciences islamiques : (1) le chemin de l'aspect externe et formel de la religion (la Shari‘ah) ; (2) le chemin du développement intellectuel ; et (3) le chemin de la compréhension spirituelle qui se réalise par la sincérité de la pensée (ikhlas) dans l’obéissance à Dieu. Nous pouvons voir que le Saint Coran dans son aspect formel, s'adresse à toutes les personnes, sans fournir une forme particulière de démonstration ou de preuve. selon la souveraineté unique de Dieu, elle commande Plutôt aux personnes d'accepter les principes de la foi tels que l'unité divine, la mission prophétique, l’eschatologie ; il leur donne des injonctions pratiques quotidiennes, telles que les prières, le jeûne, etc. ; et en même temps, il leur interdit de commettre certaines autres actions. Pourtant, si le Coran n'avait pas fourni une certaine preuve pour ces commandes, il ne pouvait espérer que l'homme les accepte et leur obéisse. Par conséquent, Il doit être dit que de telles expressions (simples) du Coran, sont des chemins vers la compréhension de la finalité religieuse et des sciences islamiques. Nous appelons ces expressions verbales telles que « croyez en Dieu et en son Prophète » ou « Acquittez-vous de la prière », l'aspect externe ou formel de la religion. En plus des conseils dans l'aspect externe de la religion, nous voyons que le Saint Coran, dans beaucoup de versets, guide l'homme vers le développement intellectuel. Il invite l'homme à méditer, contempler et délibérer sur les signes divins dans le macrocosme et le microcosme. Il explique beaucoup de vérité par un raisonnement intellectuel, libre de la pensée. Nous voyons bien qu'aucun livre sacré ne recommande la science et la connaissance intellectuelle pour l'homme, autant que le Coran. Dans plusieurs de ses mots et expressions, le Coran certifie la validité de la preuve intellectuelle et la démonstration raisonnable, c'est-à-dire, qu’il ne veut  pas que l'homme accepte la validité des sciences islamiques, et les justifie ensuite par les preuves intellectuelles. Mais au contraire, il proclame avec une confiance complète en la vérité de sa propre position, que l'homme doit employer son intellect pour découvrir la vérité des sciences islamiques, et d’accepter seulement cette vérité. Il doit chercher l'affirmation des mots contenus dans le message islamique, dans le monde de la création qui reste le seul témoin véridique. Et finalement l'homme devrait affiner l'affirmation de sa foi, dans les résultats de sa démonstration intellectuelle ; il ne doit pas avoir la foi d'abord, et par obéissance à elle, rechercher les preuves. Ainsi, la pensée philosophique, fait également partie des moyens efficaces et est confirmée par le Saint Coran. En plus, des conseils dans l'aspect externe et intellectuel de la religion : nous voyons que le Saint Coran explique en termes subtils que toute véritable science religieuse commence et provient de l'unité divine (tawhid) et de la connaissance de Dieu et de ses Attributs. La perfection de la connaissance de Dieu appartient à ceux qu’Il a séparé des autres et élevé auprès de lui-même. Ces hommes qui se sont surpassés et par raison de sincérité dans l'obéissance envers Dieu ont pu concentrer toutes leurs puissances et leurs énergies sur un chemin transcendant. Leurs yeux sont devenus illuminés par la vision de la lumière du pur Créateur. A l’aide du discernement, ils ont vu la réalité des choses dans le royaume du ciel et de la terre, car par la sincérité de l'obéissance, ils ont accédé à la valeur de la certitude (yaqin). En raison de cette certitude, les royaumes du ciel et de la terre et la vie immortelle du monde éternel sont devenus clairs pour eux. Une réflexion  sur les saints versets suivants, illumine entièrement ce discours :

Nous n’avons envoyé aucun prophète avant toi sans lui révéler : « Il n’y a de Dieu que moi ; adorez-moi ! » (XXI,25) ; Gloire à Dieu, très éloigné de ce qu’ils imaginent – à l’exception des serviteurs sincères de Dieu (XXXVII,159-160) ; Dis : « Je ne suis qu’un mortel semblable à vous. Il m’a révélé que votre Dieu est un Dieu unique et que celui qui espère la rencontre de son Seigneur doit accomplir de bonnes actions et n’associer personne dans l’adoration de son Seigneur (XVIII,110) ; Adore ton Seigneur jusqu’à ce que la certitude te parvienne ! (XV,99) ; Ainsi avons-nous montré à Abraham le royaume des cieux et de la terre pour qu’il soit au nombre de ceux qui croient fermement. (VI, 75) ; Non !... Le Livre des purs est l’‘Illiyoun; - comment pourrais-tu comprendre ce qu’est l’‘Illiyoun ? – C’est un livre écrit. Ceux qui sont proches de Dieu en sont témoins. (LXXXIII,18-21) ;  Non !... Si seulement vous le saviez de science certaine ! Vous verrez sûrement la Fournaise ; (CII,5-6).

Nous pouvons dire que l’un des chemins pour atteindre la compréhension des vérités et des sciences, est la purification de l’âme et la sincérité dans l’obéissance à Dieu.