من الامور التي سببت الاختلاف حول مكان دفن الامام علي (ع)، إخفاء قبره الشريف لمدة طويلة نسبيا. فقد شهدت فترة حكمه سلام الله عليه الكثير من الاحداث و الوقائع حيث اثار خصومه بوجهه ثلاث حروب طاحنة، و اثاروا الكثير من الفتن التي لم يشهدها التاريخ الاسلامي خاصة في تاريخ من سبقه من الحكام.

و كانت نهاية تلك التحركات استشهاده (ع)، إلا ان ذلك لا يعني بحال من الاحوال انتهاء حالة الخصومة و العداء له و لاهل بيته (ع) فكانت النفوس تغلي للانتقام منه حتى بعد شهادته (ع)، فكان ذلك هو السبب الاساس في اخفاء القبر الشريف عن اعين الخصوم لكي لا يتعرضوا له بسوء، فمعاوية الذي سن سب و لعن أمير المؤمنين (ع) على المنابر و التعرض له في كل مناسبة حتى ان الخطباء كانوا يقنتون بلعنه و سبه سلام الله عليه!! لا يتورع بحال من الاحوال من المساس بقبره الشريف. من هنا رأى الائمة من ولده (ع) اخفاء القبر الشريف و عملا بوصيته عليه السلام، و بهذا بقي القبر مخفيا عن عامة الناس طوال فترة الحكم الاموي و شطرا من الحكم العباسي.

و لعل في هذا الاخفاء مصالح اخرى من قبيل حفظ ارواح شيعته (ع)، و ذلك لان الشيعة اذا عرفوا قبره لا يترددون في الاقبال عليه و زيارته و بهذا تكون الزيارة و سيلة لرصدهم و التعرف عليهم من قبل حكام الجور مما يؤدي الى تعرضهم لانواع الابتلاء و المحن و قد يؤدي الى القضاء عليهم.

و لكن هذا لايعني ان القبر الشريف بقي خافيا على الجميع بل كان يعرفه أهل البيت (ع) و الخاصة من اصحابهم حيث توجد روايات متواترة تؤكد مكان القبر الشريف الفعلي[1]، الامر الذي اجمع عليه علماء الشيعة و الكثير من علماء العامة.

و قد تصدى علماء الشيعة للرد على الشبهات و الحرب النفسية التي حاول المغرضون و خصوم الشيعة اثارتها في هذا المجال فصنفوا الكثير من المصنفات في هذا المجال و اثبات حقيقة الامر.[2]