این سؤال دو بخش دارد، بخش اول این که « اگر کسی ادعا کند با دلایل عقلی وجود خدا را رد می­کند باید چه جوابی به او داد؟» و بخش دوم این که « آیا می شود با دلایل عقلی وجود خداوند را رد کرد؟».

اگر مراد از عقل و فلسفه هرگونه گفتاری شبه استدلالی باشد که بر مبانی ظن و احتمال بنا شده و هرآن در حال تزلزل و تغییر است، پاسخ مثبت است؛ یعنی برخی با این استدلالات به ظاهر عقلی تلاش کرده اند تا وجود خدا را به چالش بکشند، اما باید دانست که این نوع عقل و استدلال غیر یقینی در واقع چیزی جز توهمات ذهنی بشر نیست که مترادف با تعبیر قرآنی «ظن» است و در واقع عقل نیست: «وَ ما یتَّبِعُ أَکْثَرُهُمْ إِلاَّ ظَنًّا إِنَّ الظَّنَّ لا یغْنی‏ مِنَ الْحَقِّ شَیئا». [1]

ولی اگر مراد از عقل، آن عقلی باشد که در فرهنگ قرآنی کانون آن قلب انسان است: "فَتَکُونَ لَهُمْ قُلُوبٌ یعْقِلُونَ بِها"، [2] پاسخ منفی است. و هرگز این عقل نمی تواند منکر خدا شود، بلکه هیچ شکی در مورد خدا ندارد: «أَ فِی اللَّهِ شَکٌّ فاطِرِ السَّماواتِ وَ الْأَرْضِ». [3]

و اما پاسخ بخش اول سؤال این است که، اولاً: کسی که چنین ادعایی می­کند با توضیحی که پیش از این آمد، مشخص است که مرادش از عقل، همان عقل ظنی است. لازم به ذکر است، در عین این که دلایل به ظاهر عقلی (به همان معنایی که ذکر شد) بسیاری از سوی منکران خداوند در طول تاریخ ارائه شده است، دلایل عقلی (به هر دو معنای استدلالی و شهودی) بسیاری نیز توسط شخصیت­های مختلف فلسفی، کلامی، عرفانی و ... در اثبات خداوند ارائه شده است. پس در مواجهه با ادعای انکار خدا، بایستی به طور منطقی از مدعی بخواهید تا برای اثبات ادعای خودش (انکار خدا):

اولاً: تمامی دلایل عقلی (اعم از استدلالی و شهودی) اثبات خدا را رد کند. بنابراین مدعی انکار خدا، علاوه بر دلایل عقلی شهودی اثبات خدا که اختصاص به عرفا دارد، بایستی نادرستی دلایل عقلی استدلالی فیلسوفان دین -شامل هشت دسته براهین اثبات وجود خدا به حصر استقرایی- را اثبات نماید که عبارت­اند از: [4]

دسته اول: براهین وجودی یا وجود شناختی یا هستی شناختی ( Ontological Argument )

دسته دوم: براهین وجوب و امکان یاعلت اولی یا جهان شناختی( Cosmological Argument )

دسته سوم: براهین غایت شناختی( Teological Argument )

دسته چهارم: براهین درجات کمال

دسته پنجم: برهان از راه حوادث و تجارب خاص

دسته ششم: براهین اخلاقی( Moral Argument )

دسته هفتم: برهان اجماع عام یا فطرت

دسته هشتم: براهین احتمالات( Probability Argument )

ثانیاً: به فرض رد تمامی این براهین –که تقریبا فرضی محال است- حد اکثر آن است که دلیلی بر وجود خدا مشاهده نشده، اما نبود خدا نیز موضوعی است که اثبات آن نیاز به دلیل جداگانه ای دارد که مطمئنا هیچ فردی نخواهد توانست آن را اثبات کند.

به عنوان نمونه، اگر شخصی تمام دلایل ارائه شده در مورد وجود حیات در آسمان های بی نهایت را مورد تردید قرار دهد، آیا می تواند با قطعیت بگوید که در غیر از زمین موجود زنده ای وجود ندارد؟!

ثالثاً: اعتقاد ما در باره وجود خداوند (چه باور، چه انکار، چه تشکیک) غیر از وجود خداوند در واقعیت امر است، به عبارتی دیگر باورهای ما واقعیت را تغییر نمی­دهند. منشا اعتقاد به خدا امری فراتر از متابعت از نظرات مردمان در مورد خداوند است و بلکه به تعبیر قرآن اکثریت مردمان در این امور ظن خود متابعت می­کنند [5] ، [6] .

ضمن این که در بحث باور نسبت به وجود خداوند، بسته به نوع باور(استدلالی یا شهودی) متغیرهای متفاوتی وجود دارد. عامترین متغیر بحث،  ملاک صدق و کذب و تلقی ما از آن می باشد. بدیهی است که به لحاظ منطقی اختلاف نظر بر سر صدق یا کذب هر گزاره خبری - اینجا باور به وجود خدا یا انکار خدا – بخودی خود هیچ چیزی را اثبات نمی­کند. به عنوان نمونه تا مدتها پیش از گالیله، همه عالمان دینی، دانشمندان و فیلسوفان دنیا، زمین را مرکز عالم می پنداشتند، اما با اختراع اولین تلسکوپ توسط گالیله و رصد علمی عالم، هیئت بطلمیوس که در کنار منطق ارسطو و سخنان مسیح جزو عقاید اصلی کلیسا محسوب می­شد، یکباره تمامی ارزش خود را از دست داد. بنابراین اکثریت و اختلاف نظر هیچکدام ملاک صدق یا کذب یک قضیه محسوب نمی شوند.

گفتنی است، حتی در بین فلاسفه غرب که اکثراً با روش شک گرایی به این بحث پرداخته­اند برخی نظیر «هایدگر» بحث و جدل اندیشمندان با یکدیگر پیرامون اثبات وانکار خدا را نه تنها دلیلی بر انکار خدا ندانسته­اند، بلکه آن را دلیلی روشن بر وجود خداوند دانسته­اند؛ چرا که اگر خدایی وجود نداشت این همه تلاش علمی و فکری بشر در طی قرن ها برای اثبات یا انکار او وجود او بیهوده می­بود. در واقع وقتی ما وجود چیزی را انکار می­کنیم ابتدا وجود آن چیز را مفروض گرفته­ایم که می­توانیم از انکار آن سخن بگوییم. از این رو پیشفرض هر دو گروه منکرین و مثبتین وجود خدا، وجود خدا می باشد [7] .

رابعاً: بر خلاف ادعاهای منکران، حوزه علوم تجربی که برای اغلب منکران خدا، تنها شناخت یقینی محسوب می­شود، درستی بسیاری از گزاره­های دینی را اثبات نموده است. "پیشرفت­های علم فیزیک و کیهان شناسی در قرن حاضر، نگرش معنوی به جهان را تقویت نموده است و این قرن به لحاظ پیوند گزاره­های دینی با گزاره­های علمی بسیار مؤفق بوده است". [8] این مؤفقیت، برخی فلاسفه را چنان به وجد آورده است که با اطمینانی عجیب در باره قرن بیست و یکم می­گویند: "قرن بیست و یکم یا دارای معنویت خواهد بود یا وجود نخواهد داشت". [9]