کیفیت خواندن نماز آیات بدین صورت است: نماز آیات دو رکعت است و در هر رکعت پنج رکوع دارد و می توان آن را به دو حالت خواند. اول: انسان بعد از نیت، تکبیر بگوید و یک حمد و یک سوره تمام بخواند و به رکوع رود و سر از رکوع بردارد، دوباره یک حمد و یک سوره بخواند، باز به رکوع رود تا پنج مرتبه و بعد از بلند شدن از رکوع پنجم دو سجده نماید و برخیزد و رکعت دوم را هم مثل رکعت اول بجا آورد و تشهد بخواند و سلام دهد.

دوم: اینکه بعد از نیت و تکبیر و خواند حمد، آیه های یک سوره را پنج قسمت کند و یک آیه یا بیشتر از آن را بخواند و به رکوع رود و سر بردارد و بدون این که حمد بخواند، قسمت دوم از همان سوره را بخواند و به رکوع رود و همین طور تا پیش از رکوع پنجم سوره را تمام نماید، مثلاً به قصد سوره «قل هو الله احد»، «بسم الله الرحمن الرحیم» بگوید و به رکوع رود، بعد بایستد و بگوید: «قل هو الله احد» دوباره به رکوع رود و بعد از رکوع بایستد و بگوید: «الله الصمد» باز به رکوع رود و بایستد و بگوید «لم یلد و لم یولد» و برود به رکوع باز هم سر بردارد و بگوید: «و لم یکن له کفواً احد» و بعد از آن به رکوع پنجم رود و بعد از سر برداشتن، دو سجده کند و رکعت دوم را هم مثل رکعت اول بجا آورد و بعد از سجده دوم تشهد بخواند و نماز را سلام دهد.

بنابر این طبق نظر امام خمینی و اکثر فقهای معاصر، می توان «بسم الله الرحمن الرحیم» را به عنوان یک آیه  خواند و الباقی سوره را به چهار قسم تقسیم و نماز را ادا نمود.

البته بعضی از مراجع همانند آیت الله سیستانی می فرمایند: باید بنا بر احتیاط، جمله تامّه باشد و از اوّل سوره شروع کند و به گفتن «بسم اللَّه» اکتفا نکند و سپس به رکوع رود ... مثلًا در سوره فلق اوّل «بِسْمِ اللَّهِ الرَّحْمنِ الرَّحِیمِ قُلْ أَعُوذُ بِرَبِّ الْفَلَقِ» بگوید و به رکوع رود بعد بایستد و بگوید «مِنْ شَرِّ ما خَلَقَ» دوباره به رکوع رود و بعد از رکوع بایستد و بگوید «وَ مِنْ شَرِّ غاسِقٍ إِذا وَقَبَ» باز به رکوع رود و بایستد و بگوید «وَ مِنْ شَرِّ النَّفَّاثاتِ فِی الْعُقَدِ» و برود به رکوع باز هم سر بردارد و بگوید «وَ مِنْ شَرِّ حاسِدٍ إِذا حَسَدَ»[1].