من مفاخر العلماء و الحوزات العلمیة الشیعیة هو استقلالهم المالی، بمعنی ان المؤسسة العلمائیة الشیعیة و علی مدی تاریخها المجید لم تکن معتمدة اقتصادیاً و مالیاً علی أیة دولة. ان نفقات الحوزات العلمیة الشیعیة تؤمن دوماً عن طریق الوجوه الشرعیة(الخمس و الأوقاف و النذور و ....) و بواسطة الناس المتدیّنین. و منذ القدم و الی الآن یضع الخیّرون و المتدیّنون أملاکاً کثیرة (أراض و مزارع و حقول و مصانع و محلّات و قیصریّات و ..) بصورة أوقاف تحت تصرّف المسؤولین و المتولّین للمدارس و الحوزات العلمیة، لکی یتم الانفاق مما تدره من منافع علی الحوزات العلمیة و المنتسبین لها و یمکن مشاهدة نماذج لذلک فی کل المدن الإیرانیة بل فی کثیر من البلاد الإسلامیة.

و عن طریق هذه المصادر یدفع مبلغ کمرتّب أو مساعدة للأشخاص المشتغلین فی الحوزات العلمیة بالدراسة و التدریس و التحقیق و الإدارة و الأعمال الإداریة و ... و اضافة الی ذلک فإن الکثیر من الطلبة و بعد إکمال دراستهم الحوزویة ینشغلون بأعمال اخری مثل التدریس فی المدارس و الجامعات و مکاتب الزواج و القضاء و المحاماة و ... فیرتزقون عن هذا الطریق. و کثیر من الطلبة لا یحتاجون الی المرتب المتداول فی الحوزات العلمیة بسبب استغناء اسرهم، بل فی کثیر من الأحیان یشارکون فی دعم الحوزات بأموالهم الخاصة.

و بعد انتصار الثورة الإسلامیة فی إیران و استقرار الجمهوریة الإسلامیة ظهرت مجالات کثیرة لانتساب العلماء الی بعض المؤسسات کالتربیة و التعلیم و التوجیة العقائدی السیاسی للقوی النظامیة و الجامعات و مؤسسات التحقیق الحکومیة و الأهلیة و تألیف و طبع و نشر الکتب، فإن الکثیر من الطلبة یعملون بهذه المشاغل و یرتزقون عن هذا الطریق.