در توضیح المسائل مراجع آمده است: " اگر نماز گزار در بین نماز بفهمد که مسجد نجس است، چنانچه وقت نماز تنگ باشد، باید نماز را تمام کند و اگر وقت دارد و تطهیر مسجد نماز را به هم نمى‏زند، باید در بین نماز تطهیر کند، بعد بقیه نماز را بخواند ولی اگر نماز را به هم مى‏زند، باید نماز را بشکند و مسجد را تطهیر نماید بعد نماز را بخواند."[1]

به هرحال چون فرض سؤال شما با آن چه در توضیح المسائل آمده است، متفاوت است،سوالتان را از دفاتر مراجع عظام استفتاء نمودیم، که این پاسخ ها دریافت گردید:

دفتر حضرت آیت الله العظمی مکارم شیرازی (مد ظله العالی):

شکستن و رها کردن نماز در فرض سؤال، اشکالی ندارد.

دفتر حضرت آیت الله العظمی سیستانی (مد ظله العالی):

باید نماز را قطع کرده و کودک را بقضاء حاجت ببرید.

دفتر حضرت آیت الله العظمی صافی گلپایگانی (مد ظله العالی):

قطع نماز جایز نیست ولی اگر در بین نماز بفهمد که مسجد نجس است چنانچه وقت تنگ باشد باید نماز را تمام کند و اگر وقت وسعت دارد و تطهیر مسجد نماز را بهم نمی زند، باید در بین نماز تطهیر کند، بعد بقیه نماز را بخواند. و اگر نماز را بهم می زند، در صورتی که بعد از نماز تطهیر مسجد ممکن باشد، شکستن نماز جایز نیست. و اگر بعد از نماز تطهیر مسجد ممکن نباشد یا تاخیر تا بعد از نماز هتک مسجد باشد، باید نماز را بشکند و مسجد را تطهیر نماید، بعد نماز را بخواند.

پاسخ حضرت آیت الله هادوی تهرانی (دامت برکاته) در خصوص سؤال مذکور به این شرح است:

اگر وقت نماز تنگ نباشد و چاره ای جز شکستن نماز برای جلوگیری از نجاست مسجد نباشد، شکستن نماز بلامانع است.