امام حسن(ع) و امام حسین(ع) در سه نبرد مهم امیر مؤمنان علی(ع)؛ جنگ جمل، جنگ صفین و جنگ نهروان، شرکت داشتند، و بارها در خط مقدم نبرد با دشمن درگیر می‌شدند و از این رو بود که امام علی(ع) تأکید داشتند که سپاهیانش در این مواقع حساس، مراقب حسنین(ع) باشند تا نسل پیامبر(ص) و امامت باقی باشد:
1. در جنگ صفین، حضرت علی(ع) فرزند خود حسن(ع) را مشاهده کرد که شتابان به میدان جنگ می‌رفت. در این هنگام رو به اصحاب کرد و فرمود: «جلوى این پسر را بگیرید و مانع جنگیدنش شوید که با مرگش مرا درهم نکوبد. من هرگز نمی‌خواهم این دو جوان (حسن و حسین) در جنگ کشته شوند؛ زیرا نسل پیامبر(ص) قطع مى‏گردد».[1]
ابن عباس می‌گوید: در یکى از روزهاى جنگ صفین، حضرت علی(ع) محمد بن حنفیه را فرا خواند و به او فرمود: «بر  جناح راست لشکر دشمن حمله کن!». محمّد با یاران خود حمله کرد و طرف راست لشکر معاویه را شکست داد. سپس زخمى باز گشت و آب خواست. حضرت علی(ع) برخاست و جرعه آبى به وى داد و مقدارى آب بین زره و پوست بدن محمّد پاشید. من خون‌هاى دلمه شده را می‌دیدم که از حلقه زره او بیرون می‌آمدند. علی(ع) پس از این‌که ساعتى به محمّد بن حنفیه مهلت داد، به او فرمود: «اکنون به جناح چپ لشکر دشمن حمله کن!». او با یارانش به میسره(سمت چپ) لشکر معاویه حمله کرد و آن‌را شکست داد و در حالى بازگشت که بدنش زخمی شده بود و می‌گفت: آب! آب! حضرت علی(ع) برخاست و همان رفتار قبلى را با او انجام داد. سپس به وى فرمود: «برخیز و بر قلب لشکر دشمن حمله کن!» محمّد بر قلب لشکر معاویه حمله کرد و آنان را عقب راند و با جراحات سنگین و با حالتی گریان برگشت. علی(ع) برخاست و میان دو چشم فرزندش را بوسید و به او فرمود: «پدرت به فدایت. قسم به خدا که مرا خوشحال کردى. اکنون چرا گریه می‌کنى، به جهت خوشحالى؟ یا به علت جزع و فزع؟!».
محمّد گفت: چرا گریان نباشم.  شما سه مرتبه مرا در معرض مرگ قرار دادید و خدا مرا به سلامت باز گردانید ... ولى به دو برادرم حسن و حسین(ع) هیچ‌گونه دستورى نمی‌دهى!؟ امام علی(ع) سر محمّد را بوسید و به او فرمود: «فرزند عزیزم! تو پسر من هستى. ولى ایشان پسران پیامبر خدایند، آیا نباید مراقب آنان باشم؟» محمّد گفت: چرا پدر جان! خدا مرا فداى تو و فداى ایشان نماید.[2]
در یکی از گزارش‌های کهن، بخشی از نبرد صفین را چنین توصیف می‌کند:
«على(ع)، همراه تمام پسرانش به سوى جناح چپ حرکت کرد و تنها افراد قبیله ربیعه با او بودند. تیرهای دشمن از میان شانه و کتف‌هایش می‌گذشت و یکایک پسرانش خود را سپر او می‌کردند. على(ع) این را نمی‌پسندید و خود را پیش می‌انداخت و میان آن فرزند و شامیان، فاصله می‌شد.... پسرانِ على(ع)، حسین و محمّد، بر غلامی از بنی امیه تاختند و او را با شمشیرهاى خود زدند، چندان که [مُرد و بدنش] سرد شد».[3]
2. در جریان جنگ جمل، محمد بن حنفیه با نیزه‌ای به سمت شتر عایشه حمله‌ور شد، اما قبیله بنوضبه او را از نزدیک‌شدن به شتر بازداشتند. بعد از آنکه محمد نزد پدرش برگشت، امام حسن(ع) نیزه را از دست او گرفت و به سمت دشمن شتافت و در حالی برگشت که نیزه‌اش خونین بود! با دیدن این صحنه، رنگ محمد زرد شد، اما پدرش او را اینگونه دلداری داد که تو فرزند علی هستی و او فرزند پیامبر(ص) است.[4]
مروان بن حکم در جنگ جمل اسیر شد و حسنین(ع) را نزد امام علی(ع) واسطه نمود تا مورد بخشش قرار گیرد. آنان نیز خدمت پدر رسیده و عرض کردند: «ای امیر مؤمنان! مروان با تو بیعت می‌کند»، حضرت او را رها کرد و فرمود: «مگر قبلاً و بعد از کشته شدن عثمان با من بیعت ننمود؟! من نیاز به بیعت او ندارم!»[5] از این گزارش‌ها مشخص می‌شود که حسنین(ع) در نبرد جمل نیز حضور داشتند.
3. در مورد جنگ نهروان نیز روایتی وجود دارد که به نوعی ناظر به حضور امام حسین(ع) در آن نبرد است. امام باقر(ع) به نقل از پدرشان امام سجاد(ع) از امام حسین(ع) می‌فرماید: «علی(ع)، هنگام بازگشت از نبرد نهروان هنگامی که به ناحیه "براثا" رسید نماز ظهر را با مردم خواند، و [از آن‌جا] کوچ کرده و هنگام عصر به سرزمین بابل رسید، مسلمانان صدا زدند: اى امیر مؤمنان! اکنون وقت نماز عصر است، امیر مؤمنان(ع) فرمود: "این سرزمینى پست [و شوم] است که سه بار خداوند مردمش را در کام زمین برده و در انتظار چهارمین بار است و وصىّ پیامبر(ص) را شایسته نیست که در آن نماز گزارد، از شما هر که می‌خواهد نماز بخواند". منافقان گفتند: آرى خود نماز نمی‌خواند و نمازخوانان (نهروانیان) را می‌کشد».[6]
خلاصه این‌که؛ از این روایات بر می‌آید که امام حسن(ع) و حسین(ع) در جنگ‌ها کنار امام علی(ع) حضور داشتند و در مواردی هم می‌جنگیدند.

---