اصطلاح «خلیفه» از ریشه «خلف» به معنای پشت‌سر، گرفته شده و به معنای جانشینی است. جانشینی گاه در امور حسی است، مانند این آیه قرآن «جَعَلَ اللَّيْلَ وَ النَّهارَ خِلْفَة (شب و روز را جانشین یکدیگر قرار داد)» و گاه در امور اعتباری به معنای جانشین و قائم مقام و در قرآن کریم در این معنا نیز بسیار مورد استفاده قرار گرفته است. پروردگار خطاب به فرشتگانش،  آدم(ع) را خلیفه خود در زمین اعلام می‌کند و گاه به پیامبرانی چون داود(ع) دستور می‌دهد که خلیفه او  باشند و گاه در نگاهی کلی‌تر تمام انسان‌ها را جانشین خود در زمین معرفی می‌کند.

البته در فرهنگ اسلامی، اصطلاح «خلیفه» دارای معنای ویژه «جانشین پیامبر اسلام» نیز می‌باشد. در همین راستا شیعیان، دوازده امام معصوم(ع) را خلیفه و جانشین برحق پیامبر(ص) دانسته و به عبارتی آن حضرات را هم امام می‌دانند و هم خلیفه، اما در تاریخ اسلام و در طول سال‌ها و قرن‌های متمادی افراد بسیاری که شایستگی این مقام را نداشته‌اند نیز از عنوان «خلیفه» برای معرفی خود بهره جسته‌اند.