موضع گیری ملحدان در مقابل ادیان به ویژه دین اسلام می تواند دلایل مختلف سیاسی، اجتماعی، اقتصادی، فرهنگی داشته باشد که در جای خود قابل بررسی هستند، اما پیش از این که تفصیلاً این علل را به طور جداگانه مورد تحلیل قرار دهیم، تذکر دو نکته قابل اهمیت است. نخست این که موضع گیری ملحدان و دینداران علیه یکدیگر مسئله تازه ای نیست و به طرق و انحای مختلف در طول تاریخ حیات بشر از جانب هر دو طرف معمول بوده است. بنابراین بایستی توجه نمود که این موضع گیری تنها از جانب ملحدان نبوده است، اما امروزه گویا صدای ملحدان به واسطه در اختیار داشتن قدرت مخرّب تکنولوژی، رسانه ای و نظامی نسبت به زمان های گذشته بلندتر شنیده می شود. نکته دیگر این که نباید پنداشت که در همه موارد این نوع موضع گیری ها در قبال حقیقت دین و اسلام بوده است بلکه ممکن است این موضع گیری ها واکنشی باشد در قبال فهم نادرست دین یا شیوه نادرست تبلیغ دین از سوی دینداران. در ذیل به علل چهارگانه این مسئله با توجه ویژه به دین اسلام به عنوان جامع ترین و کامل ترین دین الاهی می پردازیم.

الف) علل سیاسی: تجربه تلخ برخی حکومتهای مدعی دین در طول تاریخ از جمله قرون وسطای مسیحی در جهان مسیحیت و دوران خلفا، صفویه، طالبانیسم و حکومت های اسلامی در جهان اسلام و رژیم صهیونیستی در جهان یهودیت؛ در کنار نزاع ها و جنگ های مذهبی و فرقه ای درون ادیان، این بهانه را به دست ملحدان داده است تا دین را حداقل در حوزه عمومی (سیاست و اجتماع) ناکارآمد جلوه دهند و حتی گاه با تسری دادن این ناکارآمدی به حوزه خصوصی، اساساً ادیان را عامل خشونت و خونریزی معرفی کنند. به طور مشخص در مورد اسلام روی کار آمدن گروه های سیاسی منحرف و منتسب به اسلام و جنبش های سلفی؛ مانند طالبان و القاعده، به ویژه حادثه یازده سپتامبر  که به غلط یا درست به القاعده نسبت داده شد؛ تأثیر مهمی در موج اسلام هراسی و حملات رسانه ای و تبلیغاتی علیه اسلام داشته است.

ب) علل اجتماعی: گسترش جوامع شهری و زندگی مدرن، زیست اجتماعی تازه ای پدید آورده است که در تقابل با بهشت طبیعی تصویر شده در قرآن و روایات اسلامی است و این موضوع به تقابل اسلام و مدرنیته منجر شده است. تقابلی که با تمام تلاش های فکری روشنفکران مسلمان جهت آشتی دادن اسلام با مدرنیته هنوز پابرجا است. ناکامی روشنفکران مسلمان در رفع این تقابل از این رو است که ایشان اکثراً با نگاه و قالب بندی مدرنیته سراغ اسلام می روند، به این معنا که ابتدا حقانیت مدرنیته را می پذیرند و سپس سعی می کنند که تعالیم اسلامی را با ارزش های مدرنیته تطبیق دهند. این تلاشِ عقیم که در نهایت منجر به تجدید نظر طلبی این نوع روشنفکران و عدول از اسلام شده است، در کنار ناسازگاری های رفتاری موجود در جوامع اسلامی که هم می خواهند ظواهر اسلام را حفظ کنند و هم روح مدرنیته را در کالبد خسته و بی جان خود بدمند، این دیدگاه نادرست را تقویت نموده است که دین مترقی اسلام، دینی ارتجاعی است و حداقل به درد جامعه امروزی نمی خورد. این دیدگاه نادرست ریشه در واژگون سازی واژه ها دارد، به طوری که هر نوع انتقاد و تشکیک در ارزش های مدرنیته مساوی با ارتجاع و عقب ماندگی به شمار می آید.

ج) علل اقتصادی: پذیرش اقتصاد سرمایه داری (کاپیتالیسم) در کشورهای اسلامی زمینه را برای استعمار نو فراهم می آورد تا به تضعیف اعتقادات مسلمانان بپردازد، به طوری که نفت به عنوان سرمایه عظیم موجود در این کشورها نه تنها عامل پیشرفت نشده، بلکه با کمک به رواج مصرف گرایی و اقتصاد مصرف محور در میان جوامع مسلمان وابستگی شدید اقتصادی مسلمانان را به کشورهای غربی به همراه داشته است. وقتی مزه کالاها و تکنولوژی غربی به مذاق مسلمانان خوش آمد، کم کم خود به این نتیجه می رسند که این نوع اقتصاد با مسلمان بودن سازگاری ندارد؛ لذا یا این نوع اقتصاد را رها کرده و سعی می کنند به سمت اقتصادی تولید محور حرکت کنند، یا این که دنبال دردسر نگردند و با دست برداشتن از اسلام استیلای غرب را به طور کامل بپذیرند.

د) علل فرهنگی: علل فرهنگی مختلفی را می توان در این زمینه مطرح نمود از جمله فهم قشری از دین توسط برخی دانشمندان دینی و در نتیجه دفاع قشری و متعصبانه از دین ، و بی گانگی و حتی دشمنی با معارف بلند اسلامی توسط این مدعیان دفاع از دین به امپراطوری رسانه ای غرب این امکان را داده تا با بزرگ نمایی جایگاه این گونه افراد به عنوان تنها نمایندگان رسمی اسلام، چهره ای خشن، غیر انسانی، خرافی و غیر عقلانی از اسلام و فرهنگ اسلامی ارائه کند.