تاریخ تفکر مسیحى از آغاز تاکنون داستان درازى داشته است. براى آن‌که بتوانیم تا حدودى با فضاى ذهنى اندیشمندان غربى آشنا گردیم، به روند کلى آن اشاره‌اى می‌کنیم.
هنگامى که پیروان مسیح(ع) ‏از نعمت حضور این پیامبر الهى در میان خود محروم شدند و حضرتش به سوى آسمان‌ها صعود کرد،[1] رسولان و حواریون آن‌حضرت به تبلیغ آیین مسیح(ع) ‏پرداختند و رنج‌هاى زیادى را متحمل شدند.[2]
ولى پس از مدت کوتاهى «پولُس» - که باید وى را معمار مسیحیت کنونى دانست - رهبرى مسیحیت را به دست گرفت. وى نخست یهودى بود و مسیحیان را آزار فراوان می‌داد، اما پس از چندى مسیحى شد و توانست در میان مردم نفوذ پیدا کند.[3] او به عنوان رسول عیسوى در شهرها گردش می‌کرد و عقیده مسیحیت را در ضمن دگرگون کردن آن، گسترش می‌داد.[4]
دین عیسى در آغاز به گونه‌اى دیگر بود و «پولس» آن‌را به شکل کنونى در آورد. او که «خیلى نگران نبود عیسى چه گفته است».[5] مسائلى؛ مانند الوهیت عیسی(ع)، فدا شدن وى در راه گناهان، و الغاى شریعت را از عقاید مشرکان اقتباس کرد و به مسیحیت افزود.[6] با این وصف، عیسی که پیامبر خدا بود، خدا شد. خدایى که آمده بود تا مصلوب شود و با مصلوب شدن خویش گناهان پیروان خود را پاک کند؛ از این‌رو، مصلوب شدن عیسی به عنوان یک مفهوم کلیدى در مسیحیت مطرح است که اگر یک مسیحى آن‌را انکار کند و نظر قرآن را بپذیرد که عیسى قبل از مرگ به آسمان صعود کرد، دیگر نمی‌تواند مسیحیت موجود را پذیرا باشد و چاره‌اى جز پذیرش اسلام نخواهد داشت.
از سوى دیگر، حرکت عیسى که براى اصلاح عقاید باطل گسترش یافته در بین یهودیان آغاز شده بود، با انکار شریعت[7] که پیکره اصلى دین در حوزه عمل را تشکیل می‌دهد، به انحرافى دو چندان گرفتار گردید. در فرهنگ مسیحى واجب، حرام، و حلال مفهوم خود را از دست داد و الزام به شکل خاصى از عمل در امور مختلف از میان رفت. به همین دلیل، در حالی‌که ما، به عنوان مثال، شاهد آیین و شرایط خاص ذبح در بین یهودیان هستیم، در مسیحیت هیچ آئینى در این جهت وجود ندارد. این مجموعه امور باعث شد، مسیحیت در گذر ایّام با مفاهیم اصلى ادیان توحیدى فاصله جدى بگیرد.
کتاب مقدس مسیحى[8] نیز با مشکلات اساسى مواجه است. از یک‌سو، اناجیل موجود سند تاریخى ندارند و بنابر اظهار خود محققان غربى[9] مدت‌ها بعد از صعود عیسی(ع) و در جریان فعالیت‌ها، درگیری‌ها و نفوذ افکار «پولس» و حتى پس از آن - هنگامى که عقاید انحرافى وى بر جامعه مسیحى تسلط پیدا کرده بود نوشته شده‌اند. از سوى دیگر، محتوا و بافت این اناجیل با کُتُب آسمانى و وحى الهى سازگارى ندارد و در قالب کتاب سیره به بیان داستان زندگى عیسی(ع) می‌پردازد. و هر چند فرازهایى از کلمات عیسى را می‌توان در آن یافت، ولى ساخت کلى کتاب بیان تاریخ حیات عیسی(ع) است؛ از این‌رو، هر چند به اذعان قرآن کریم حضرت عیسی‏ پیامبرى الهى و داراى کتابى به نام انجیل است، ولى نه آموزه‌هاى او چندان در مسیحیت معاصر باقى مانده و نه نشان چندانى از کتاب واقعى او می‌توان یافت.
در قرون وسطى اندیشمندان مسیحى تلاش کردند عقاید انحرافى موجود در مسیحیت کنونى را به گونه‌اى توجیه و چهره‌اى معقول از آن ترسیم کنند. «توماس آکویناس» که در سده سیزدهم میلادى زندگى می‌کرد، قهرمان صحنه این بحث مسیحى است. او تلاش کرد به کمک فلسفه ارسطویى - که از طریق کتاب‌هاى ابن ‏سینا و فرهنگ اسلامى با آن آشنا شده بود - اندیشه مسیحى را بازسازى و میان آن فلسفه و الهیات مسیحى سازگارى ایجاد کند.[10] ولى با این همه، پاره‌اى از مفاهیم انجیل قابل توجیه عقلى نبود و با همه تلاشى که فیلسوفان قرون وسطى، مانند «آکویناس»، کردند، نتوانستند همه آنچه را که در ظواهر کتاب مقدس بود، به صورت معقول در آورند.
به طور مثال، اعتقاد مسیحیان این است که عیسى پسر خدا است و ظاهر تثلیث در انجیل این است که عیسى خود خدا می‌باشد. در توجیه آن - به گونه‌اى که هم با توحید و هم با انجیل و اعتقاد آنان سازگار باشد - گفتند: خدا سه شخصیت، اما یک طبیعت دارد. پدر، پسر و روح القدس، سه شخصیت و سه اقنوم هستند. بدیهى است که این عقیده و نظایر آن قابل تصحیح و توجیه عقلى نیست؛[11] زیرا اگر یک طبیعت سه شخصیت داشته باشد، باید پذیرفت که داراى سه فرد است که در آن طبیعت با هم اشتراک دارند. این امر از یک‌سو، وجود ماهیت را براى خداوند در پی ‏دارد و از سوى دیگر، با توحید ذات او ناسازگار است.
افزون بر معضلات اعتقادى و تاریخى که در مسیحیت وجود دارد، در دوران قبل از نوزایى[12] که از آن به دوران تاریکى[13] یاد می‌شود، رجال دین مسیحى[14] جایگاه مهمى در سیاست یافتند و با معرفى خود به عنوان واسطه بین خدا و مردم، براى خویش حقوق اختصاصى خاصى را ادعا کردند که یکى از آنها سلطه و حاکمیت بر مردم و لزوم تبعیت مردم از آنها بود. این گروه براى اداره امور به وضع قوانین دینى[15] اقدام کردند و کوشیدند کاستى مسیحیت در حوزه شریعت را با قوانینى که خود وضع می‌کردند و آن‌را دینى می‌شمردند، جبران کنند.
از سوى دیگر، پس از قرون وسطى و با پیدایش علوم جدید و مواجهه آن با تصویرى که کلیسا و انجیل - به تفسیر کلیسایى - از مفاهیم علمى ارایه می‌داد، مسئله تعارض علم و دین مطرح شد، و به جهت رونق علوم جدید و شکوفایى آن، چراغ دین مسیحى به خاموشى گرایید. در این میان، متکلمان و متألهان مسیحى در مقابل این بحران تلاش کردند مباحث جدیدى را براى دفاع از مسیحیت و پاسدارى از ایمان مردم مطرح نمایند و از آن پس فیلسوفان دین نیز هر کدام به گونه‌اى درباره این موضوع به بحث و بررسى پرداختند که مجموعه این‌گونه مباحث، هویت اندیشه مسیحى در سده معاصر را تشکیل می‌دهد.[16]، [17]