چگونگی کشته شدن شمر و عاقبت کار او در کتاب‌های معتبر تاریخی، با کمی تفاوت بیان شده است که در ذیل به‌طور خلاصه نقل می‌شود:
مختار، غلام خود را که نامش «زربى» بود، به جست‌وجوى شمر بن ذى الجوشن فرستاد. شمر به یاران خود گفت: «از من دور شوید تا شاید او به این سبب به من نزدیک شده و او را از پای در آورم». زربی نیز دلیر گشته و به سمت او رفت و شمر به او حمله کرده و بعد از کشتن او، به سمت محلی به نام «ساتیدما» و از آن‌جا به سمت «کلتانیة» که در کنار فرات بود، گریخت. در آن‌جا شخصی ناشناس را دید و بعد از درگیری با او، به او فرمان داد: «باید نامه مرا به مصعب بن زبیر برسانی». آن شخص نامه را گرفت و به بصره برد. در بصره ابو عمره که از یاران مختار بود، در پاسگاه براى نگهبانى اقامت داشت و مراقب لشکر بصره بود. این شخص ناشناس در آن‌جا شخصی را دید و از ظلمی که از سوی شمر بر او رفته بود شکایت کرد تا این‌که یکى از افراد لشکریان ابو عمره، به نام عبدالرحمن بن ابى الکنود رسید و نامه شمر را دید. عبدالرحمن از آن پیک پرسید: شمر اکنون‏ کجا است؟ او هم نشانی مکانی که شمر را دیده بود به او داد. عبدالرحمن، گروهی را به سوی او فرستاد. عده‌ای از یاران شمر به او گفتند بهتر است از این منطقه کوچ کنیم؛ زیرا از مردم این‌جا می‌ترسیم. شمر گفت: «تمام اینها از روى ترس و وحشت آن دروغ‌گو (مختار) است! به خدا سوگند تا سه روز دیگر من از این منطقه دور نخواهم شد». در این هنگام، صداى پای اسب‌ها را شنیدند. یاران شمر خواستند برخیزند که سواران، تکبیرگویان خانه را محاصره کردند. یاران شمر پیاده گریختند. شمر در حالی‌که روپوش خود را بر تن پیچیده و تن را بدان پوشیده بود برخاست. او مرض برص داشت و بیماری برص از بالاى روپوش نمایان شد. شمر خواست که با آنها بجنگد، ولی آنها فرصت پوشیدن لباس و یا برداشتن اسلحه به او ندادند، تا این‌که عبدالرحمن بن ابى الکنود او را کشت و جسد او را برای سگ‌ها انداختند.[1] طبق برخی نقل‌های دیگر، شمر را ابوعمره کشت،[2] یا آن‌که بعد از زخمی‌کردنش، او را نزد مختار برده و مختار گردنش را زد.[3]
با توجه به آنچه بیان شد و دیگر نقل‌های تاریخی؛[4] اگر جسدی از شمر باقیمانده باشد یا در همان منطقه «کلتانیه» و یا در گوشه‌ای از کوفه مدفون شده است.

---